En Nueva York hay gran cantidad de museos, los que más se suelen visitar son:

Museo Guggenheim:
Edificio en espiral de siete plantas diseñado por Frank Lloyd Wright. Contiene una de las colecciones privadas más valiosas del siglo XX.
http://www.guggenheim.org/

Museo de Ellis Island:
Ubicado frente a la Estatua de la Libertad. Posee más de 30 galerías dedicadas a la inmigración. Históricamente era un centro de inmigración.

Museo de Arte Moderno (MoMA):
Alberga la colección de arte moderno más importante de EEUU. Se presentan obras de maestros como Picasso, Van Gogh y Monet.
http://www.moma.org/

Museo de Arte Metropolitano:
Es una de las instituciones culturales de la ciudad. Su colección de arte permanente es de 3 millones de obras. Están representados todos los períodos artísticos. Difícil verlo en una sola visita.
http://www.metmuseum.org/

Museo Whitney de Arte Americano:
Especializado en Arte Contemporáneo. Dedicado a presentar las mejores colecciones de arte americano del siglo XX.
http://whitney.org/

Museo Natural de Historia Americana:
Famoso por su dinosaurio de la entrada. Se pueden apreciar toda clase de animales, plantas, fósiles, meteoritos, piedras preciosas, etc. Cuenta con exhibiciones temporales bastante interactivas que atraen a los más pequeños.
http://www.amnh.org/

Museo de la ciudad de Nueva York:
Para los amantes de la ciudad de Nueva York. Fundado en 1923 En sus cuatro plantas se pueden encontrar, documentos, mobiliario, maquetas, mapas, fotografías, una colección de juguetes y muñecos, y un vídeo que refleja la evolución de esta ciudad.
http://www.mcny.org/

Museo Nacional de American Indian:
Se representa una completa visión de la vida y cultura de los primeros colonizadores de América. En su interior se exponen máscaras, esculturas, cerámica, instrumentos musicales, armas, y todo ello documentado con vídeos educativos de las distintas culturas que poblaron y pueblan toda America. Entre todos los objetos destacan los pertenecientes a Jerónimo y Toro Sentado.
http://www.nmai.si.edu/

Museo de Arte de Brooklyn:
Se construyó en 1897 con el objetivo de ser el museo más grande del mundo, pero el proyecto fracasó debido a la falta de interés de la población. Consta de cinco plantas en las que se exponen colecciones de arte asiático, egipcio y sudamericano, así como prendas de vestir de época y distintos objetos de artesanía.
http://www.brooklynmuseum.org/