Hola Ismael, que bien que vayas a San Francisco, si es tu primera vez te va a encantar la ciudad. Respecto al alojamiento pues depende mucho del presupuesto del que dispongas.
Yo las veces que he ido me he alojado en la zona de Union Square, es muy centrica, bien comunicada y con todos los servicios necesarios. En cuanto a hoteles yo se del Abri, Nikko y Astoria. Cualquiera de ellos está bastante bien.
Si lo que quieres es algo más económico, conozco un hostal, tambien en la zona de Union Square totalmente recomendable, los precios son super asequibles, se llama San Francisco International Hostel, tiene wifi gratuito, cocina, comedor.
te pongo su página por si te interesa, preferible hacer la reserva por internet ya que si la haces una vez allí los precios varían mucho.
http://www.sanfranhostel.com/
Espero que te sirva y buen viaje!!!